Покопался в Интернетах... Сложил вот такой малый теоретический help. Всё, что изложу ниже упрощено для случая HDD с несколькими разделами. Для общего случая, когда число разделов произвольно или загрузка не с HDD, или другое что, то и писать больше.
1. Различать boot RECORD от boot SECTOR. Во многих текстах они используются как синонимы, и, когда читатель не в теме, получается путаница. Свои же обычно по контексту всегда догадываются где, и что. Boot record (BR) — программный код, запись, программа. Boot sector — место на диске, сектор, адрес. BR пишется в BS и читается из BS, но никак не наоборот.
2. Различать "нулевой сектор" HDD и boot sectors (загрузочные сектора) разделов. На диске у нас: а) нулевой сектор диска, и он только один! б) загрузочные сектора на каждом из "основных" разделов, и их может быть не более 4-х. Тут важно, что нулевой и загрузочный — это разные секторы даже для первого раздела. Далее "загрузочный сектор" — везде BS (boot sector).
3. MBR — код, в нулевом секторе. MBR происходит от master boot records, то есть главная загрузочная запись. Этот код может меняться при инсталляции системы, и обязательно меняется при переразбивке диска на разделы. Может быть ликвидирован или удален сбоем при работе диска, включая сбой питания, ухудшением качества поверхности диска, загрузочным вирусом, не верным использованием редактора диска, инсталляцией несовместимого ПО, и др.
4. VBR — код, в загрузочном секторе каждого раздела. VBR происходит от volume boot sector, то есть загрузочная запись тома (раздела). VBR меняется при изменении размеров раздела, настройки его как активного или простого, при изменении файловой системы раздела, при делении раздела на подразделы (extented). Не путаем MBR и VBR! И не только потому, что MBR всегда не более одного, но еще и потому, что заметное повреждение MBR делает весь диск совершенно не читаемым, а не только незагружаемым, повреждение же отдельного VBR только отменяет доступ к данным на нем, и не дает грузиться с этого раздела, но позволяет видеть любой другой раздел.
5. Что делает MBR? Сразу уточним, что в MBR есть не только микропрограмма, но и данные — цифровая подпись и таблица разделов, то есть указания, сколько разделов и где точно начинается каждый из них. Подпись не только убеждает BIOS, что он не ошибся, и прочел именно MBR, но и помогает BIOS-у завершить тестирование. Потому если подпись повреждена, то BIOS напишет что-то вроде Missing operating system!. Но допустим, что все хорошо и BIOS читает MBR и отправляет как микропрограмму, так и таблицу разделов в оперативную память, передавая управление ей. Всё, BIOS отдыхает.
Теперь командует микропрограмма из MBR. Что она делает? Она прочесывает HDD чтобы убедиться, точно ли разделы начинаются именно там, где ей говорит ее таблица разделов. Точнее она надеется в указанных точках найти VBR разделов. Читает их, чтобы узнать, который из них должен загружать систему. Пометка об этом должна стоять только в одной VBR. И если все в порядке, то MBR, предварительно сделав свою копию в другой части оперативной памяти, считывает на свое прежнее место в памяти — VBR активного раздела. Вот и все, что делает MBR.
Официального стандарта, кроме размеров, на MBR нет. И это только традиционный ход вещей. В принципе же сама MBR вот в таком виде появилась ради разбиения HDD на разделы. Говорят, что еще MS прописывает в MBR какие-то свои коды, не считаясь с удобством других. Но эти тонкости здесь тоже лучше опустить.
6. Что делает код VBR активного раздела? Когда MBR его прочло и отправило в оперативную память, тогда он читает загрузчик своего раздела, отправляет его в память и передает управление ему. Загрузчик начинает грузить саму систему. Конкретно — её загрузчик файл Ntldr. Вот собственно и всё — файлы Windows приступили к загрузке собственно ОС.
7. Команды FIXMBR и FIXBOOT.
FIXMBR пробует исправить MBR, что очевидно черевато полной потерей информации со всего диска даже в случае незначительной ошибки. То есть команда прописывает на место прежней MBR — стандартную, при этом старается не трогать таблицу разделов. MS пишет: If an invalid or nonstandard partition table signature is detected, you will be prompted whether you want to continue. If you are not having problems accessing your drives, you should not continue. Writing a new master boot record to your system partition could damage your partition tables and cause your partitions to become inaccessible. Т.е. если FIXMBR покажется, что наша MBR чудаковата, то он нас просит умыть руки: мол, при продолжении-то файлов ты, уважаемый пользователь, можешь уже и не найти. При этом советуя отказаться от продолжения, если с доступом к файлам у нас из под другой системы никаких проблем нет.
FIXBOOT пробует исправить только VBR одного (!) своего раздела, что не может повредить MBR, а значит и другим разделам.
В общем FIXMBR — это доступ к разделам. FIXBOOT — уже к самому загрузчику.
И, кстати, в корне не должно много файлов. Точное число не знаю. Но если "много", то файловая система из-за перегрузки индексов может и не сумеет даже адекатный и правильно расположенный загрузчик найти.
Если я что где напутал, то поправьте. Если нет, то можно дальше идти.
Раздел сообщества и форумчан